集装箱海运市场整合会对港口产生影响，从而改变承运船公司与港口之间的关系。

一方面，整合的航运公司和联盟有较强的议价能力和影响力，港口身处的地位不怎么有利。对一些吞吐量较小、谈判能力较弱的港口会非常不利，港口是靠船舶停靠带来吞吐量和业务的，如果船公司减少停靠次数，对港口业务会有很大的损害。例如，2017年，联盟成员减少了在Port Klang  的停靠，导致Port Klang处理的货物减少。但同时，航运联盟决定将新加坡的港口和Tanjung Pelepas作为基本港，则这两个港口受益不少。

集装箱海运

另一方面，码头受集装箱海运公司的投资，码头的特许权会受到影响。集装箱运输需求减少，而码头在近几年扩大了不少，港口停靠和码头管理方面可能会进一步的整合。

目前，集装箱海运市场的整合已进行了一阶段，整合活动可能会继续进行，市场的变化还需要进步一观察。

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